迪迦离开后的第8年，即2017年，主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时的飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举…

约在三千万年以前，人类处于超古代文明时期，守护人类的巨人们发生内战，原是地球最强的黑暗战士迪迦在受幽怜的感动后选择成为光之战士，使其黑暗力量长眠。奇杰拉花朵盛开，人们全部都陷入了因奇杰拉的花粉而产生的幻觉，认为已不再需要…