工藤新一，米花高中二年极学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有…

在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只那艘船上残存的数据和零件确认是日本所没有的东西那个消息让日本全国都紧张起来